В 329 году до Р.Х. Александр оставил Персеполь с намерением нанести окончательное поражение Дарию, который собирал войска в Бактрии. Через две недели он овладел всей Мидией и вступил в её столицу Экбатаны. Здесь он узнал, что у Дария фактически нет боеспособного войска и единственное своё спасение он видит в бегстве. Пробыв в Экбатанах ровно столько, сколько требовали от него дела по налаживанию управления страной, Александр вновь устремился в погоню. В пути до него дошли известия, что армия Дария разбежалась, а сам он оказался в полной власти бактрийского сатрапа Бесса, который держит царя на положении пленника. Александр заторопился ещё больше. Через несколько дней изнурительной погони македонская конница настигла варваров. Все они обратились в бегство, даже не начав сражения. Убегая, Бесс и его единомышленники нанесли Дарию множество ран и бросили несчастного умирать.

Теперь для окончательной победы предстояло покорить окраинные сатрапии Бактрию и Согдиану. В начале 328 года до Р.Х. македонская армия вступила в предгорья Гиндукуша и двинулась через перевалы. Поход был чрезвычайно трудным. Глубокие снега покрывали всю землю, а жестокие морозы доводили людей до изнеможения. Войско, заведённое в эту пустынную местность без следов человеческой культуры, претерпело всё, что только можно претерпеть: голод, холод, утомление и отчаяние. Многие погибли от непривычно холодного снега, многие отморозили ноги, другие ослепли от нестерпимого блеска. Миновав горы, Александр вступил в пределы Бактрии. Войско Бесса состояло из 8 тысяч вооружённых, бактрийцев. Узнав о приближении Александра, все эти воины покинули вождя и разбежались по своим сёлам. Сам Бесс, с кучкой оставшихся ему верными друзей, бежал за Амударью и стал в Согдиане собирать новое войско. Александр устремился вслед за врагом и с ходу форсировал Амударью. Главные военачальники Бесса, увидев, что стремительного продвижения македонцев не могут остановить никакие препятствия, схватили своего предводителя и привели его, скованного, к Александру. Царь почтил их дарами, а Бесса передал для казни брату Дария.